為配合政府的「全城清潔策劃小組」的行動，房屋署在公共屋邨繼續推行下列措施，為住戶締造清潔健康的生活環境。

自2003年8月1日，房屋署在公共屋邨及中轉房屋推行「屋邨清潔扣分制」。為表明作更廣泛使用來達致更有效的屋邨管理，該制度於2006年10月18日起易名為「屋邨管理扣分制」。在扣分制下，租戶如作出影響公眾衞生和危害公眾健康的不當行為會遭扣分，兩年內累積滿16分者，其租約會被終止。在2011年12月，有4租戶在扣分制下被書面警告，另有138租戶被扣分。

自立法會在2003年6月26日通過提高觸犯公共衞生罪行的罰款至1,500元，房屋署已增加巡查人手，加強執法行動，對付在公共屋邨隨處吐痰及亂拋垃圾的行為。房屋署於2011年12月向7個在公共屋邨內隨處吐痰及27個亂拋垃圾的人士，發出合共34張定額罰款通知書。

為打擊公屋的非法流動熟食擺賣活動，房屋署曾與食物環境衞生署和警方採取聯合執法行動；非法流動熟食小販的數目亦因而大幅減少。房署在2011年12月進行了 207次執法行動，撿走貨品的次數達4次。

房屋署於2004年7月完成逐戶檢查公屋大廈單位的內部排水系統，並繼續檢查公共屋邨外牆排水系統。2011年12月，房屋署檢查了106幢公屋大廈的外牆排水系統，並已為當中需作維修的56大廈外牆排水系統進行維修。